Antigene sind Substanzen, die mit Oberflächenmolekülen von B- oder T-Zellen oder mit Antikörpern reagieren können. Daher rührt auch der Name (Antigen = „antibody generation“).
Der Bereich des Antigens der an einen Antikörper oder eine B-Zelle bindet, wird als Epitop oder Antigendeterminante bezeichnet. Gewöhnlich besitzt ein Antigen mehrere solcher Epitope, die also auch von unterschiedlichen Lymphozytenklonen erkannt werden können. Oder anders gesagt: Ein Epitop ist eine kurze Sequenz von Aminosäuren (Monosacchariden) innerhalb eines größeren Proteins (zw. Kohlenhydrats). Die Anzahl der Epitope bestimmt die Valenz eines Antigens (ein Antigen mit zwei Epitopen ist z.B. divalent).
Antigene binden nicht-kovalent an die Rezeptoren der B- und T-Zellen, wobei sie vorher von antigenpräsentierenden Zellen (APZ) degradiert und über Hilfsmoleküle wie die MHC-Moleküle präsentiert werden. B-Zellen sind allerdings auch in der Lage nicht-präsentierte Antigene über den B-Zell-Rezeptor zu binden. Auch Superantigene können direkt über den T-Zell-Rezeptor erkannt werden, ohne vorher über APZs präsentiert zu werden.
