Darmbakterien
Im menschlichen Darm leben Billionen von Keimen und beeinflussen dessen Funktion, wobei der obere Gastrointestinaltrakt kaum Bakterien enthält, da der Magen mit seinem sauren Milieu eine wirksame Barriere bildet.
Im unteren Dünndarm werden primäre Gallensalze von Bakterien dekonjugiert und dehydriert und es entstehen sekundäre Gallensalze. Diese werden über den enterohepatischen Kreislauf zurückgewonnen, in der Leber erneut konjugiert und so wiederverwertet. Nicht resorbiertes freies Cholesterin wird von den Bakterien zu Koprosterin reduziert, das ausgeschieden wird.
An der Bauhin-Klappe (Ileozökalklappe) steigt die Zahl der Bakterien sprunghaft an. Das Kolon enthält etwa 10–10 Bakterien pro Milliliter Darminhalt. In der Mehrzahl handelt es sich um . Die Trockenmasse des Stuhles besteht zu 30−70 % aus Bakterien. Die Bakterien spalten unverdaute Nahrungsbestandteile und einen Teil der für den Menschen unverdaulichen Ballaststoffe (z.B. Cellulose) und produzieren dabei (darunter auch Propionsäure), kurzkettige Fettsäuren, Ammoniak sowie , und CO.