An vielen enzymatischen Reaktionen sind neben Enzym und Substrat weitere Faktoren beteiligt, die die katalytische Aktivität beeinflussen, die Cofaktoren. Ein Enzym ohne seinen Cofaktor nennt man Apoenzym, das vollständige, katalytisch aktive Enzym wird als Holoenzym bezeichnet. Cofaktoren lassen sich in zwei Gruppen einteilen:
Metalle: anorganische Ionen (z.B. Mg2+, Cu+, Cu2+, Zn2+), die an bestimmte Enzyme gebunden sind; bei einer festen Bindung an das Enzym spricht man von Metalloenzymen; bei metallabhängigen Enzymen kann das Ion dagegen dissoziieren und die Metallionen sind häufig als Metall/Substrat-Komplex (z.B. anorganische Pyrophosphatase) oder Metall/Coenzym-Komplex (z.B. der Mg/ATP-Komplex der Hexokinase, Co des Cobalamins) gebunden oder auch Bestandteil von prosthetischen Gruppen (z.B. der Fe/Häm-Komplex der Katalase oder Peroxidase)
: kleine organische Moleküle; leiten sich oft von Vitaminen ab; werden während der Reaktion chemisch verändert und müssen anschließend regeneriert werden; unterteilt in:
