An vielen enzymatischen Reaktionen sind neben Enzym und Substrat weitere Faktoren beteiligt, die die katalytische Aktivität beeinflussen, die Cofaktoren. Ein Enzym ohne seinen Cofaktor nennt man Apoenzym, das vollständige, katalytisch aktive Enzym wird als Holoenzym bezeichnet. Cofaktoren lassen sich in zwei Gruppen einteilen:
Metalle: anorganische Ionen (z.B. Mg2+, Cu+, Cu2+, Zn2+), die an bestimmte Enzyme gebunden sind; bei einer festen Bindung an das Enzym spricht man von Metalloenzymen; bei metallabhängigen Enzymen kann das Ion dissoziieren
Coenzyme: kleine organische Moleküle; leiten sich oft von Vitaminen ab; werden während der Reaktion chemisch verändert und müssen anschließend regeneriert werden; unterteilt in:
prosthetische Gruppen: dauerhaft an das Enzym gebunden, aber keine Proteine; werden am Enzym gebunden regeneriert
: locker an das Enzym gebunden; sind als eine Art zweites Substrat an der Reaktion beteiligt; von einer Vielzahl von Enzymen verwendet; werden in einer separat vom Enzym stattfindenden Reaktion regeneriert
