Wie alle eigenständigen Zellorganellen haben Lysosomen ihre eigene Membran. Die in ihnen enthaltenen Proteine werden am rauen endoplasmatischen Retikulum gebildet, erhalten im Golgi-Apparat einen Mannose-6-phosphat-Rest als „Adresse“ und werden in Vesikel (die primären Lysosomen) verpackt. Nach ihrer Fusion mit anderen Vesikeln (z.B. Endosomen), die die abzubauenden Substrate enthalten, bilden sich schließlich sekundäre Lysosomen (Heterolysosomen), in denen der hydrolytische Abbau der Makromoleküle erfolgt. Auch intrazelluläre Moleküle werden „zerkleinert“. Die einzelnen Bausteine, zu denen z.B. Aminosäuren, Nucleotide, Phosphat- oder Sulfatreste gehören, werden durch die lysosomale Membran in das Zytoplasma transportiert. Dort kann die Zelle sie zum Aufbau neuer Makromoleküle nutzen.
Zuständig für den Abbau der Moleküle sind saure Hydrolasen. Unverdauliche Lipidbestandteile bleiben in den Lysosomen zurück, und die enzymatische Aktivität kommt schließlich zum Erliegen. Aus den sekundären Lysosomen werden tertiäre Lysosomen (auch oder Residualkörper). In den Lipofuszingranula befindet sich gelbbraunes, heterogenes Material aus Lipid-Protein-Komplexen. Wenn sich zu viel Lipofuszin in den Zellen ansammelt, kann dies die Zellfunktion beeinträchtigen.