Damit Zellen funktionieren, müssen die zahlreichen von ihnen produzierten Proteine zur richtigen Membran gelangen bzw. in das richtige Kompartiment oder auch ganz aus der Zelle geschleust werden. So müssen RNA- und DNA-Polymerase in den Zellkern gelangen, Hormonrezeptoren in die Plasmamembran integriert werden, bestimmte Enzyme das Lumen der Lysosomen erreichen und Hormone sezerniert werden. Um dies zu bewerkstelligen, werden die Proteine in Zellen nach bestimmten Merkmalen sortiert und dann ihren endgültigen Bestimmungsorten zugewiesen. Im Zuge dieser Sortierung werden einige Proteine mit zusätzlichen chemischen Gruppen versehen (co- und posttranslationale Modifikation), die entweder der Sortierung dienen oder die spätere Funktionalität der Proteine sicherstellen. Eine wichtige Rolle hierbei spielen das endoplasmatische Retikulum und der Golgi-Apparat.
Das () ist ein Membransystem aus Lamellen, Zisternen und Tubuli, das die gesamte Zelle durchzieht. Man unterscheidet glattes ER (sER; s für smooth), das frei von Ribosomen ist, und raues ER (rER), das mit Ribosomen besetzt ist, welche die Proteine teilweise oder vollständig direkt in das rER-Lumen synthetisieren. Dort finden Faltungsschritte und auch erste statt wie:
