Antigenkontakt und B-Zell-Aktivierung
Naive B-Zellen wandern aus dem Blut in die Lymphknoten ein, um dort auf ihr Antigen zu treffen. Im Gegensatz zu den naiven T-Zellen, benötigt die B-Zelle nicht unbedingt den Kontakt zu APZ. Über ihren BZR erkennen sie auch lösliche Antigene oder opsonisierte Pathogene. Eine BZR und T-Zell-unabhängige Aktivierung kann jedoch auch über (TLR) erfolgen. Allerdings sind die Antikörper der dabei entstehenden Plasmazelle weniger affin für das Antigen. Wir gehen im nachfolgenden Text von der aus. Der , der aus einem membrangebundenenbesteht, bindet Glykoproteine und Polysaccharide von Pathogenen, aber auch ganze Viruspartikel und Bakterienzellen. Finden die B-Zellen ein Antigen, internalisiert die B-Zelle das Antigen und zerlegt es in kleine Fragmente (Peptide) mit einer Länge von maximal . Diese Fragmente werden wiederum mithilfe des MHC-Klasse-II-Moleküls auf der Oberfläche des B-Lymphozyten gegenüber T-Zellen präsentiert. Die B-Zelle gehört demnach zu den professionellen .

T-Zell-Aktivierung – Signaltransduktion
Der Signaltransduktionsweg zur Aktivierung einer T-Zelle wird über das Binden des TZR an den Antigen-MHC-Komplex der APZ (hier Markophage) induziert. Die Tyrosinkinase Lck, die nicht-kovalent an CD4 oder CD8 gebunden ist, wird aktiviert und phosphoryliert Tyrosinresten der ITAM-Sequenzmotive von CD3. Die phosphorylierten ITAM-Motive aktivieren die ZAP-Kinase und dann erfolgt die weitere Signaltransduktion auf 2 weiteren Wegen:
1. Über eine Aktivierung der Phospholipase C, die Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphat in IP3 und DAG spalten. IP3 erhöht die zytosolische Ca2+-Konzentration. Ca2+ aktiviert das Calcineurin, der Transkriptionsfaktor NFAT-1 wird aktiviert: IL-2 und andere Effektormoleküle werden synthetisiert.
2. Durch Ras wird c-Fos aktiviert und damit AP-1. Die Zelle proliferiert und differenziert. Über 70 Gene werden dabei exprimiert.