Die angeborene Immunantwort besteht von Geburt an und kann in 3 Instanzen eingeteilt werden: Die erste Instanz ist die mechanische Barrierefunktion der Oberflächenepithelien. Die Haut, die Schleimhäute, aber auch der saure pH-Wert des Magens, die Produktion von antimikrobiellen Proteinen und Peptide (z.B. Lysozyme) und unterschiedliche Sekrete blockieren das Eindringen der Pathogene.
Wird diese Barriere überwunden, können die Pathogene über den humoralen und den zellulären Teil (zweite Instanz), an dem unterschiedliche Zellen und Faktoren beteiligt sind, abgewehrt werden: Makrophagen, Granulozyten, natürliche Killerzellen, dendritische Zellen und andere organspezifische Zellen wie die Langerhans-Zellen der Haut spüren die Pathogene mithilfe bestimmter Rezeptoren auf. Im Gegensatz zur adaptiven Abwehr erkennen die Faktoren der angeborenen Immunität Pathogene unspezifisch über molekulare Oberflächenmuster (pathogen associated molecular patterns, PAMPS), für die sie im Verlauf der Evolution Erkennungsstrukturen (pattern recognition receptors (PRRs) ) entwickelt haben. Die Zellen der angeborenen Immunität phagozytieren (Phagozytose) die Pathogene, töten sie direkt und/oder sezernieren Zytokine , die zur humoralen Abwehr gehören (dritte Instanz). Diese Botenstoffe aktivieren die Zellen der adaptiven Immunität.Antigenpräsentierende Zellen (APZ) wandern nach Antigenkontakt aus der Infektionsseite aus und präsentieren den naiven B- und T-Zellen das Antigen in den sekundären lymphatischen Organen (Primärkontakt). Gleichzeitig stimulieren die APZ die Zellen der adaptiven Immunität in den regionären Lymphknoten, um spezifisch gegen die Pathogene zu wirken (B-Zellen werden zu antikörpersezernierenden Plasmazellen, T-Zellen sezernieren Zytokine). Angeborene und adaptive Immunität sind also miteinander verlinkt.
Zum humoralen Teil der angeborenen Immunantwort gehören das Komplementsystem und das System der Lysozyme. Das Komplementsystem besteht aus mehr als 20 Proteinen, die als inaktive Vorstufen in der Leber gebildet werden und bei einer Immunreaktion kaskadenartig aktiviert werden. Letztlich führt die Aktivierung des Komplementsystems zur Abtötung von Bakterien und anderen Pathogenen, zu deren Opsonierung und zur Erhöhung der Durchblutung im entzündlich veränderten Gewebe. Lysozyme sind kohlenhydratspaltende Enzyme, die von Entzündungszellen sezerniert werden. Sie können die Kohlenhydrathülle von Bakterien abbauen. Diese Enzyme kommen im Blutplasma, auf Schleimhäuten, aber auch in Körpersekreten vor. Die angeborene Abwehr bildet keine Gedächtniszellen aus.