Die Sekretion von H+-Ionen erfolgt über einen H+-Na+-Austauscher im proximalen Tubulus. Mit dieser H+-Sekretion geht die Resorption von Bicarbonat einher.
Auch die Schaltzellen des Sammelrohrs spielen eine Rolle bei der Sekretion von H+-Ionen: je nach Säure-Basen-Haushalt des Körpers können sie als Schaltzellen Typ A oder Typ B vorliegen. In den Schaltzellen Typ A erfolgt eine Sekretion von H+-Ionen. Eine alkalotische Stoffwechsellage führt zur Umwandlung der Zelle in eine Schaltzelle Typ B, welche in das Lumen sezerniert.
Die Ausscheidung der H+-Ionen mit dem Harn erfolgt größtenteils gebunden. Der Phosphatpuffer stellt das wichtigste Puffersystem des Urins dar (, pKs 6,8). Puffersubstanzen können H schwach binden und leicht wieder abgeben, je nach pH-Wert. Phosphat ist eine trivalente Säure, die in Abhängigkeit vom pH-Wert unterschiedlich dissoziiert ist:
Pro Tag müssen zur Konstanthaltung des Säure-Basen-Gleichgewichts etwa 60–100 mmol H+-Ionen über die Niere ausgeschieden werden. Der pH-Wert des Harns liegt bei durchschnittlicher Ernährung zwischen 6 und 7, und er kann nur bis auf einen Wert von etwa 4,5 absinken. Zur Ausscheidung der H+-Ionen sind deshalb Puffersysteme erforderlich. Hierfür gibt es zwei Stellschrauben: das Phosphatpuffersystem und das Ammoniaksystem. Nur ein kleiner Teil (< 0,1 %) verlässt den Körper in Form freier H+-Ionen. Die Sekretion der H+-Ionen durch den Na+/H+-Antiport dient dabei gleichzeitig auch der Resorption von Bicarbonat.
